Nominacja do nagrody w konkursie im. Aliny Pienkowskiej 2006 dla profesora Henryka Skarżyńskiego za stworzenie i konsekwentne rozwijanie wzorcowej placówki medycznej.

„Perła Honorowa” – w dziedzinie nauki dla prof. Henryka Skarżyńskiego przyznana przez Kapitułę środowiska dziennikarskiego pod przewodnictwem prof. Janusza Lipkowskiego – wiceprezesa Polskiej Akademii Nauk.  

Dyplom Uznania dla prof. Henryka Skarżyńskiego i dla Zespołu Medycznego Instytutu Fizjologii i Patologii Słuchu z okazji 10-lecia Instytutu Fizjologii i Patologii Słuchu za światowe sukcesy w audiologii, za pionierskie osiągnięcia w przywracaniu słuchu przyznany przez Zarząd Główny Polskiego Towarzystwa Lekarskiego.

„Konsyliarz Roku 2005” tytuł dla profesora Henryka Skarżyńskiego za udowodnienie, że w polskich warunkach możliwe jest stworzenie ośrodka klinicznego wyznaczającego najwyższe światowe standardy w dziedzinie technik implantacyjnych przyznany przez Magazyn Lekarzy KONSYLIARZ.  

Złoty medal za urządzenie „Audiometr S” do przesiewowych badań słuchu przyznany podczas trwania 54 Światowego Salonu Wynalazczości i Postępu Technicznego „Brussels Eureka 2005”.

Honorowa Nagroda Zaufania „Złoty OTIS 2004” dla prof. Henryka Skarżyńskiego za pracę na rzecz pacjentów.  

Dyplom „Sukces Roku 2004” – Lider Medycyny w Ochronie Zdrowia Publicznego dla Lidera Roku – Zdrowie Publiczne – prof. Henryka Skarżyńskiego przyznany przez wydawnictwo Termedia.

Dyplom „Piękniejsza Polska” dla prof. Henryka Skarżyńskiego za tworzenie piękna, którym możemy szczycić się przed światem nadany przez Ruch „Piękniejsza Polska” pod patronatem Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej Aleksandra Kwaśniewskiego.

Medal „Gloria Medicinae” dla prof. Henryka Skarżyńskiego za ofiarną służbę ludziom, za najwyższy szacunek dla zdrowia i życia ludzkiego, za sumienne i godne wykonywanie sztuki leczenia, za podtrzymywanie honoru i szlachetnych tradycji stanu lekarskiego, za tworzenie nieprzemijających wartości dla dobra Polskiego Towarzystwa Lekarskiego przyznany przez Kapitułę Polskiego Towarzystwa Lekarskiego.

Certyfikat International Association of Registered Certified Tomatis Consultants (IARCTC) – Międzynarodowego Stowarzyszenia skupiającego Certyfikowanych Konsultantów Metody Tomatisa dla Instytutu Fizjologii i Patologii Słuchu uprawniający do prowadzenia terapii metodą Tomatisa.

Nagroda Miasta Stołecznego Warszawy dla prof. Henryka Skarżyńskiego w uznaniu zasług dla Stolicy Rzeczypospolitej Polskiej przyznana przez Radę Miasta Stołecznego Warszawy.

Nagroda JM Rektora Akademii Górniczo-Hutniczej im. St. Staszica w Krakowie pod nazwą „Trwały Ślad” dla profesora Henryka Skarżyńskiego – dyrektora Instytutu Fizjologii i Patologii Słuchu za szczególne dokonania w ochronie zdrowia.  

Puchar przyznany przez panią Marie Arena, Ministra Pracy i Kształcenia Regionu Walonii (Prix de la Ministre Wallonne de l’Emploi at de la Formation) za „Multimedialne systemy do badania słuchu, wzroku i mowy”.

Nagroda „Eskulap 2001” dla prof. Henryka Skarżyńskiego przyznana w ogólnopolskim plebiscycie w kategorii lekarz specjalista województwa mazowieckiego w ramach obchodów X Światowego Dnia Chorego przez Ogólnopolską Sieć Informacji Medycznych i Mazowiecką Kasę Chorych.

Nagroda zespołowa I stopnia Ministra Zdrowia za szczególne osiągnięcia w dziedzinie ochrony zdrowia, w tym za opracowanie i wdrożenie w kilku regionach kraju multimedialnych programów do powszechnych badań słuchu i mowy.

Złoty medal w kategorii „Elektronika i Informatyka” na IV Międzynarodowej Wystawie Wynalazków „Innowacje 2001” za Powszechny System Diagnostyki Wad Widzenia, Badań i Rehabilitacji Mowy i Słuchu.

Wyróżnienie promocyjne „Polski Wynalazek Roku 2000 dla programów badania słuchu i mowy za pośrednictwem Internetu” autorstwa prof. Henryka Skarżyńskiego i prof. Andrzeja Czyżewskiego przyznane przez Światową Fundację Zdrowie-Rozum-Serce i Międzynarodową Kapitułę Wyróżnień.

Profesor Henryk Skarżyński członkiem honorowym Słowackiego Towarzystwa Naukowego Otolaryngologów Chirurgów Głowy i Szyi.

Profesor Henryk Skarżyński członkiem honorowym Katedry Audiologii i Zaburzeń Komunikacji Językowej Brigham Young University w Provo, Utah, USA.

Prof. Henryk Skarżyński został wyróżniony tytułem Honorowego Ambasadora Kongresów Polskich oraz dyplomem przyznanym w uznaniu zasług w promowaniu Polski jako miejsca międzynarodowych kongresów. Wyróżnienie to zostało przyznane w dniu 15 listopada 2012 r. podczas Międzynarodowych Tragów Poznańskich przez Convention Bureau of Poland Polskiej Organizacji Turystycznej oraz Stowarzyszenie Konferencji i Kongresów ..