Medal dla profesora Henryka Skarżyńskiego za zasługi dla Uniwersytetu Muzycznego im. Fryderyka Chopina.  

Medal Honoru od Prezydenta Gruzji – Micheila Saakaszwili – dla prof. Henryka Skarżyńskiego za szczególną działalność, która wpłynęła na rozwój Gruzji.  

Medal Wydziału Zarządzania Uniwersytetu Warszawskiego dla prof. Henryka Skarżyńskiego nadany przez Radę Wydziału Zarządzania Uniwersytetu Warszawskiego.  

Najwyższe odznaczenie Warszawskiego Uniwersytetu Medycznego – medal imienia Tytusa Chałubińskiego dla prof. Henryka Skarżyńskiego z okazji obchodów 90-lecia Kliniki Otolaryngologii WUM.