На работе проф. Хенрик Скаржиньски никогда не работает по часам: он работает столько, сколько нужно, поэтому отдых и увлечения играют большую роль в его жизни. Он старается активно заниматься спортом. Иногда он находит немного времени, чтобы поиграть в футбол, покататься на лыжах, поиграть в теннис – хотя случается это редко, потому что это требует некоторых усилий со стороны руки, что потом влияет на точность движений. Он очень любит читать для удовольствия, при этом он выбирает исторические книги. Особое место в его увлечениях занимают животные. Он любит проводить с ними время, отдыхать в их компании и даже черпать от них энергию.

Он пишет стихи, слушает музыку, собирает улитки. Последнее увлечение стало поводом для создания «Музея улиток» и побития рекорда Гиннесса. В июле 2012 года было собрано 1377 вещей, что побыло рекорд в категории «Самая большая коллекция предметов с изображением или похожих на улитку».