Ученый совет — это управляющий орган государственного учебного заведения, в состав которого входят 6 или 8 человек, назначаемых Сенатом, при чем не менее половины членов Совета должны быть не из сообщества данного университета. Обязательным членом совета университета является председатель студенческого самоуправления. В состав Ученого совета UKSW были избраны: д-р мед. н. Ян Цечух, проф., директор Института психологии факультета Христианской философии UKSW, кс. проф. д-р мед. н. Вальдемар Цисло, преподаватель фундаментального богословия факультета Теологии UKSW, д-р Петр Еднашевский, советник University of St Andrews, Томаш Манкевич, канцлер UKSW, епископ Витольд Мрозевский, всп. Епископ парафии Бруклина в Соединенных Штатах Америки, и Ева Старуч, студентка педагогики и журналистики в UKSW.
Задачами Ученого совета университета являются оценка проекта стратегии и устава университета, контроль финансов университета, подбор кандидатов на пост ректора или заключение по отчету о реализации стратегии университета
Стоит отметить, что UKSW – это не первый университет, который проф. Х. Скаржиньски поддерживает своим опытом в области организации и образования. В 2020 году он был председателем первого Ученого совета Академии специального образования им. М. Гжегожевской.