Генеральная Ассамблея является, с одной стороны, самым важным органом Академии, а с другой, престижным собранием ученых. В него входят все члены Польской академии наук — выдающиеся ученые, которые определяют направления развития и деятельности Академии.
Президент Польской академии наук получал заявки кандидатов до 31 июля. Затем отделения Академии, представляющие различные области науки, представили свои рекомендации. Окончательный список кандидатов был представлен Президиумом Польской Академии Наук, а решающий голос принадлежал Генеральной Ассамблее.
Стоит добавить, что Генеральная Ассамблея выбирает членов Академии из числа наиболее выдающихся польских и зарубежных ученых. Национальные члены Академии, которых число не превышает 350 человек, делятся на две группы: настоящие члены и члены-корреспонденты. Членство в Академии — это пожизненная функция, а по достижению 70 лет члены выходят на пенсию. Академия состоит из 5 отделений, объединяющих ученых по темам исследований. Профессор Хенрик Скаржиньски является Председателем Комитета клинических наук Польской академии наук с 2011 года.