Die Generalversammlung ist das wichtigste Organ der Akademie und eine angesehene Vereinigung von Wissenschaftlern.
Sie besteht aus allen nationalen Mitgliedern der PAN – herausragenden Wissenschaftler, die die Entwicklungsrichtungen und Aktivitäten der Akademie bestimmen.
Die Kandidaturen wurden dem Präsidenten der PAN bis zum 31. Juli eingereicht. Dann formulierten die PAN-Abteilungen, die verschiedene Wissenschaftsbereiche vertreten, ihre Empfehlungen. Die endgültige Liste der Kandidaten wurde vom PAN-Präsidium vorgestellt, und die Generalversammlung stimmte mit qualifizierter Mehrheit ab.
Es sei darauf hingewiesen, dass die Mitglieder der Akademie von der Generalversammlung aus den Reihen der bedeutendsten in- und ausländischen Wissenschaftler gewählt werden. Die nationalen Mitglieder der Akademie, deren Anzahl nicht größer als 350 sein darf, sind in zwei Gruppen eingeteilt: die realen Mitglieder und die korrespondierenden Mitglieder. Die Mitgliedschaft in der Akademie gilt auf Lebenszeit, wobei Mitgliedern ab 70 Jahren der Status eines Senior-Mitglieds zuerkannt wird. Die Akademie besteht aus 5 Abteilungen, die Wissenschaftler nach Forschungsgegenstand verbinden. Prof. Henryk Skarżyński ist seit 2011 Vorsitzender des Ausschusses für Klinische Wissenschaften der PAN.