Medal Wydziału Zarządzania Uniwersytetu Warszawskiego dla prof. Henryka Skarżyńskiego nadany przez Radę Wydziału Zarządzania Uniwersytetu Warszawskiego.  

Akademia Pedagogiki  Specjalnej im. Marii Grzegorzewskiej w Warszawie przyznała profesorowi  Henrykowi Skarżyńskiemu godność doktora honoris causa. – Jest  fantastycznym naukowcem, znakomitym lekarzem, ale przede wszystkim  społecznikiem, który niesłychanie dużo zrobił dla niepełnosprawnych  słuchowo-podkreślała prof. Jolanta Zagrodzka, prorektor uczelni, promotor przewodu doktorskiego. Wśród zasług prof. H. Skarżyńskiego ..

Order ECCE HOMO dla prof. Henryka Skarżyńskiego za wyjątkowe poświęcenie swego życia, swych talentów w służbie bliźniemu dogłębną wiedzą medyczną w zakresie mowy i słuchu przyznany przez kapitułę Orderu ECCE HOMO.         Na zdjęciu razem z odznaczonymi – Prymasem Józefem Glempem, Wojciechem Zabłockim i Henryką Krzywonos.

Dyplom  przyznany przez Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego za projekt pod nazwą „Cement i implanty szkło-jonomerowe do stosowania w otochirurgii”.  

Profesor Henryk Skarżyński 5. na Liście Stu 2010 najbardziej wpływowych osób w ochronie zdrowia w Polsce – tytuł przyznany przez redakcję „Pulsu Medycyny”.

Najwyższe odznaczenie Warszawskiego Uniwersytetu Medycznego – medal imienia Tytusa Chałubińskiego dla prof. Henryka Skarżyńskiego z okazji obchodów 90-lecia Kliniki Otolaryngologii WUM.

Prezydent Ukrainy Wiktor Juszczenko przyznał Order za Zasługi trzeciego stopnia  prof. Henrykowi Skarżyńskiemu za aktywne działania na rzecz rozwoju stosunków polsko-ukraińskich.    

Dyplom za rok 2009 dla prof. Henryka Skarżyńskiego za wybitne zasługi dla promocji Polski w świecie przyznany przez Ministra Spraw Zagranicznych Radosława Sikorskiego.

Złoty medal z wyróżnieniem podczas 59 Światowych Targów Wynalazczości, Badań Naukowych i Nowych Technologii „BRUSSELS INNOVA 2010” przyznany przez Jury dla Instytutu Fizjologii i Patologii Słuchu i Instytutu Ceramiki i Materiałów Budowlanych za opracowanie unikalnych materiałów stosowanych m.in. w operacjach rekonstrukcyjnych ucha środkowego – cement szkło-jonomerowy do stosowania w otochirurgii.  

Tytuł Honorowego Obywatela Warszawy dla profesora Henryka Skarżyńskiego przyznany przez Radę Warszawy.

Uchwałą Komisji Zarządu Głównego prof. Henryk Skarżyński został odznaczony godnością Honorowego Członka Polskiego Towarzystwa Otorynolaryngologów Chirurgów Głowy i Szyi za ogromne zasługi w dziedzinie otorynolaryngologii.

Główna nagroda „Złoty Skalpel 2010” dla prof. Henryka Skarżyńskiego za projekt „Leczenie częściowej głuchoty u dzieci i dorosłych z zastosowaniem implantów ślimakowych” przyznana przez Jury drugiej edycji konkursu na wybitnego innowatora w polskiej ochronie zdrowia, organizowanego przez magazyn „Puls Medycyny”.

Honorowa nagroda „Oskar Polskiego Biznesu XX-lecia” dla profesora Henryka Skarżyńskiego za działalność na rzecz leczenia osób z zaburzeniami słuchu, głosu, mowy i komunikacji językowej.  

Wyróżnienie „Top Medical Trends 2010” dla prof. Henryka Skarżyńskiego przyznane przez Polskie Towarzystwo Medycyny Rodzinnej.

Medal 60-lecia „Cepelii” przyznany profesorowi Henrykowi Skarżyńskiemu przez Fundację „Cepelia” – Polska Sztuka i Rękodzieło – 60 lat troski o ginące piękno.

Dyplom Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego dla Instytutu Fizjologii i Patologii Słuchu za projekt pod nazwą „System telerehabilitacji słuchowej pacjentów korzystających z implantu ślimakowego”.

Dyplom Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego dla Instytutu Fizjologii i Patologii Słuchu i Politechniki Gdańskiej za projekt pod nazwą „Multimedialny system oceny wpływu hałasu na słuch z zastosowaniem środków teleinformatycznych”.

Dyplom Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego dla Instytutu Fizjologii i Patologii Słuchu i Politechniki Gdańskiej za projekt pod nazwą „Mobilne multimedialne systemy do badań przesiewowych słuchu i mowy”.

Dyplom Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego dla Instytutu Fizjologii i Patologii Słuchu za projekt pod nazwą „System zdalnego dopasowania procesora mowy systemu implantu ślimakowego”

Wyróżnienie „Złoty Skalpel 2008” przyznany dla profesora Henryka Skarżyńskiego w kategorii rozwiązania teleinformatyczne w medycynie podczas I edycji konkursu Pulsu Medycyny na wybitnego innowatora w polskiej opiece zdrowotnej za udział w projekcie „Telefitting i Domowa Klinika Rehabilitacji”.

Odznaka „Bene Meritus” dla prof. Henryka Skarżyńskiego oraz zespołu Międzynarodowego Centrum Słuchu i Mowy Instytutu Fizjologii i Patologii Słuchu za ofiarną służbę w ochronie zdrowia i życia ludzkiego, za tworzenie nieprzemijających wartości dla dobra społeczeństwa oraz za wybitne zasługi dla Polskiego Towarzystwa Lekarskiego.

Profesor Henryk Skarżyński 10 na Liście Stu 2008  najbardziej wpływowych osób w ochronie zdrowia w Polsce – tytuł przyznany przez Redakcję niezależnej gazety profesjonalistów „Puls Medycyny”.

Dyplom za projekt pod nazwą „Materiały szkło-jonomerowe dla oto chirurgii” przyznany przez Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego

Dyplom za projekt pod nazwą „Multimedialny system monitorowania hałasu” przyznany przez Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego.

Dyplom za projekt pod nazwą audiometr przesiewowy „Kuba Mikro AS” przyznany przez Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego.